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引物特异性可以通过执行BLAST搜索和从程序内部搜索模板结构来实现。这两种搜索结果都用于设计引物。
在SNPs之后,引物设计可以增强他们使用probe-based化学检测。 多重检测 对于多重实验,Primer Premier可以让您在批处理模式下启动引物搜索,然后检查设计的引物的交叉反应性,从而减少错误启动。 Primer Premier是设计和分析PCR引物的全面的软件。Primer Premier通过利用接近的热力学算法和的熔化温度,找到优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质,然后报告佳的序列,按顺序排列。配备了一个方便的计算器,您可以很容易地操作序列并分析您的引物设计的结果。从NCBI加载感兴趣的基因,选择一个搜索范围,让Primer Premier为您挑选好的引物。
SNP基因分型分析引物设计使用Primer Premier,您可以从dbSNP加载序列,并选择SNP侧面设计的引物。
Automatic Homology & Template Structure Avoidance Primer specificity can be achieved by performing BLAST search and search for template structures from within the program. The results of both these searches are used while designing primers. The regions that exhibit significant cross homologies and template structures are avoided automatically during primer design.
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