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Simple RNA-Seq Expression Analysis Calculate expression levels from mapped reads then perform pairwise comparison between samples to identify differentially expressed genes.

After selecting a gene in the volcano plot you can jump straight to it in the sequence view where all genes have heatmap coloring based on differential expression.

Demultiplex/split by barcode Trim and filter by read quality Trim adapters Merge paired reads De-duplicate Error correct and normalize Filter out chimeras

De Novo Assembly of a Bacterial Genome – A workflow for assembly and annotation of a bacterial genome from Illumina MiSeq data.
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