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Best of all, if you move your sequences of choice to Sequencher Connections, you can align them using MUSCLE and create a circular or rectangular cladogram.
步是使用k-mer集群来构建一个距离矩阵,然后将其转换为树。第二步使用这棵树来一个渐进的对齐。在后的两个步骤中,MUSCLE算法尝试了许多不同的方法,以确定是否有可能改善树,从而实现多重对齐。 一旦整个过程完成,MUSCLE就会完成对齐,您会在Sequencher中看到以连续函数显示的结果。使用Sequencher的工具来注释您的对齐或导出您的对齐,并将其放入一个的系统遗传程序中。
Primer-BLAST 使用Primer-BLAST分析序列并检查特。 并行分析-- 使用几组不同的设置集,在同一序列上运行,甚至在没有书写脚本的情况下,即使是不同的序列。单击一次就可以将数据保存到项目中。新的引物被自动标记为GenBank风格的特征键,使它们更容易在对齐中看到。这些引物通过方向进行颜色编码,以便于在使用它们的时候进行识别,并且您永远因为它们的命名约定而混淆它们。 MUSCLE和Trees 当您想在DNA序列中寻找保护区域时,让MUSCLE来实现。
MUSCLE是一个命令行程序,这意味着通常您会通过终端应用程序来使用这个程序。Sequencher开放了用户访问MUSCLE权限,而不需要学习使用UNIX命令行来操作。 限制性图 Sequencher提供了一套丰富的工具,用于生成DNA序列的线性限制图。通过频率、悬垂的性质或识别序列的长度来筛选酶的选择。 您还可以特定的向量和多连接序列来帮助您创建克隆策略。 支持信任值 Sequencher在项目窗口、序列编辑器和序列获取信息窗口中显示可信度和汇总置信度信息(如果在DNA序列文件中可用)。因此,您可以轻松地监视数据的质量。 您甚至可以为您的置信值截止范围,并通过颜色代码查看这些范围。
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