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One issue is that, as new sequences are added into the growing alignment, the number of gaps tends to increase in order to accommodate the new sequences.

SANGER DNA ANALYSIS Sequencher's extensive Sanger analysis features are the foundation it was built upon. Customizable from start to finish there is no other program that offers you as much power as Sequencher.

Once you have set up the parameters for your assembly (don't forget to Trim Ends to get rid of any low quality bases or Trim Vector to get rid of vector sequences), you are ready to go.

There are also some methods you won’t have heard of before such as or Integrated Bayesian Inference System (IBIS) and SubLinear Association Mining (SLAM).
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